Il terreno, che faceva parte delle vaste proprietà degli Altemps, conserva ancora i resti di una grande cisterna romana quando l'acquista monsignor Ferdinando Taverna il quale, milanese, è governatore di Roma sotto il pontificato di Clemente VIII. Si racconta di lui che non godesse della simpatia dei Romani per la sua eccessiva frugalità e per l'estrema severità nel giudicare i reati. Il Taverna, fra il 1604 e il 1605, fa costruire il primo edificio che le stampe dell'epoca ci consentono di riconoscere nel nucleo centrale della costruzione giunta fino a noi. Dieci anni dopo, nel 1614, il Taverna, che intanto è stato nominato Cardinale, vende la villa al Cardinale Scipione Borghese (nipote di Paolo V, pontefice dal 1605) ottenendone inoltre in cambio la Villa Acquaviva, poi Grazioli, che il Borghese aveva appena acquistata. La Villa Taverna è prossima alla Villa Vecchia e confinante con il grande complesso di Mondragone, i cui lavori di costruzione sono all'epoca in fase avanzata; l'una e l'altra di proprietà dei Borghese, i quali mirano ad avere riuniti i loro possedimenti accrescendo così la potenza della famiglia nella zona. Fa parte di questo disegno l'ambizioso progetto di collegare l'insieme delle ville con Roma mediante una strada che deve avere inizio dall'ingresso principale di Mondragone. Scipione affida all'architetto Girolamo Rainaldi, che già lavora nelle fabbriche dei Borghese, i lavori di ristrutturazione e di ampliamento della villa che si arricchisce di due corpi laterali e del ninfeo e, sembra, anche della costruzione del monumentale accesso alle ville dei Borghese detto "delle Armi". Dopo il Cardinale Scipione trascorre un lungo periodo durante il quale i suoi successori usano la villa, trascorrendovi i mesi estivi, senza apportarvi ulteriori modifiche. Nuovi lavori di abbellimento iniziano con Camillo Borghese che nel 1729, alla morte del padre Marcantonio, ne eredita i beni. Si tratta di decorazioni interne e di arricchimento della facciata con un motivo di arcate laterali. Durante tutto il secolo, in vari momenti, vengono aggiunte opere decorative e pittoriche; sono del 1741, in occasione della visita del Papa Benedetto XIV, gli arazzi realizzati da monsignor Sergardi per abbellire la cappella e la sala della caccia. Ancora restauri ai muri e ai dipinti e nuove decorazioni vengono realizzati nell'Ottocento con Marcantonio Borghese. Nel 1896 la villa viene venduta dai Borghese a Saverio Parisi, la cui famiglia ne è ancora oggi proprietaria. Ai Parisi si devono ancora lavori di adattamento interno e di restauri pittorici. Ma poi la guerra e le conseguenti occupazioni estranee hanno anche qui lasciato dolorose tracce che ancora oggi non sono state del tutto sanate.