Certamente il posto continuò ad essere coltivato fino al X secolo quando la comunità insediata prese il nome di Marino, o come derivazione da quello della famiglia Murena, o dalla trasformazione di quello dei Mamurra, che possedevano una villa in questo territorio. Le prime notizie certe si riferiscono alla biografia di Papa Silvestro, nella quale si trova annotato che tra i beni che Costantino avrebbe assegnato alla Basilica Lateranense, c'era una "massa Murinas" che doveva corrispondere al feudo di MorenaTuttavia in un elenco di donazioni di Costantino alla Basilica San Giovanni di Albano è presente una "possessio Morinas", che doveva essersi formata sul luogo dell'antica fortificazione.
L'insediamento di Marino viene segnalato per la prima volta come "castrum" in un atto del 1230, nel quale i Monaci di Grottaferrata cedevano alla vedova di Graziano Frangipane, Giacoma dei Normanni, un fondo posto "a latere de castro Morini". La famiglia dei Frangipane assume il controllo del Castello nel 1237 e lo conserva fino al 1253 quando sotto il Pontificato di Innocenzo IV passa fra i beni dei Monasteri di San Saba di Roma e di Santa Maria di Grottaferrata. Nel 1266 il Cardinale Giovanni Orsini procuratore del Convento di San Saba, cede il "castrum Marini et turris cum tenimento suo" al nipote Cardinale Matteo Rubuo Orsini. Da questo momento per oltre un secolo è sotto il dominio della famiglia degli Orsini che solo per brevi periodi sono costretti a cederne il controllo alla Chiesa Romana. E' nel Castello di Marino che fu tramata la congiura da parte di Napoleone Orsini contro Bonifacio VIII. Durante il Tribunato di Cola di Rienzo fu il punto di riferimento di baroni romani contro di lui.
In questo periodo il Castello andava acquistando una sempre più rilevante potenza, contando oltre tutto su una popolazione sempre più numerosa. Come molti altri Castelli del Lazio, fu centro di lotte tra i vari signori: i Frangipane, i Pierleoni, i Corsi, i Colonna, e tra questi il potere pontificio. Dagli Orsini, e precisamente da Giordano Orsini, il Castello di Marino passò ad Onorato Gaetani, conte di Fondi, il quale lo perse essendo in guerra prima con Urbano VI e poi con Bonifacio IX. Nel 1408 il Castello fu in mano a Ladislao, re di Napoli, il quale lo concesse in feudo ai Colonna come compenso per l'aiuto ricevuto da loro nella guerra contro l Papa. A partire da allora si può dire che, a parte qualche eccezione (gli Orsini, i Gaetani, i Borgia), l'insediamento fu continuamente controllato dalla famiglia dei Colonna che ne mantenne la proprietà fino al 1816. Da tale dominio Marino ebbe molti benefici come la costruzione della Chiesa di S. Barbara, come i piani urbanistici della città ordinati nel 1640 da Gerolamo Colonna, la sistemazione dei "giardino d'Ascanio", gli interventi sul Palazzo Baronale e tutta una serie di opere infrastrutturali. Alla fine del XVIII secolo Marino, che aveva goduto di notevoli privilegi per il fatto di trovarsi su una strada di grande traffico (la strada postale che andava a Velletri e a Terracina) perdette molta della sua importanza dopo che Pio VI, fatta prosciugare parte delle Paludi Pontine, riattivò la Via Appia per Napoli. L'interesse commerciale si spostò infatti lungo tale tracciato, determinando lo sviluppo di centri prima secondari, come Albano, Ariccia e Genzano.
Le conseguenze della Rivoluzione Francese si risentirono anche a Marino, sia con il saccheggio del 1799 da parte delle milizie napoletane, sia nel 1801 con la cessione da parte di Filippo Colonna di tutte le privative (il forno, il macello ed altre), e la rinuncia dello stesso alla giurisdizione baronale nel 1816. La proprietà di Marino rimase tuttavia alla casa Colonna fino al 1916, quando concesse in perpetua enfiteusi al Comune di Marino il Palazzo, il Parco ed i Borgo e iniziarono la vendita del territorio a piccoli e medi proprietari.